在第二次世界大战中，日本海军曾两次试图占领莫尔兹比港，但都失败了。

第一次进攻是在1942年5月初，当时，日本陆军在太平洋战争初期取得伟大胜利后，陆军和海军以及海军内部指挥部和舰队联合司令部在下一次“第二阶段行动”的政策上存在严重分歧。海军司令部主张进攻巴布亚新几内亚、所罗门群岛、斐济、萨摩亚等南太平洋岛屿，切断美国与澳大利亚、新西兰之间的海上交通，防止盟军以澳大利亚、新西兰为基地发动反击。

另一方面，山本五十六率领的联合舰队司令部主张进攻中太平洋，以吸引前美国太平洋舰队前来“决战”，然后试图在摧毁太平洋舰队后攻击夏威夷，迫使美国实现和平。前者称为FS操作（“FS”是斐济和萨摩亚的缩写），后者的第一阶段称为Mi操作（“Mi”是指中途岛方向）。历史上，由于日本在中途岛战败，所有后续行动都被取消。指挥部与舰队联合司令部发生激烈争吵后，双方撤退。

指挥部同意，联合舰队将于1942年6月进攻中途岛，展开“舰队决战”。作为交换，联合舰队将在赢得中途岛后于7月在南太平洋进行FS战斗，然后进行联合舰队司令部正在考虑的“夏威夷决战”。然而，在5月下旬米行动开始前，由于海空盟军在珊瑚海域的频繁活动，日军继续进军南太平洋。负责这方面工作的第四舰队首先对巴布亚发动了进攻，而自信而稳定的联合舰队则派出部分部队参加了军事行动，这就是所谓的“MO”行动。

根据MO作战计划，日军以劳工为前沿基地，在香河、瑞河两艘主力航空母舰等第五空军掩护下，经海路向南，绕过巴布亚半岛东端，进入珊瑚海，在巴布亚半岛南岸莫尔兹比港登陆并占领了莫港，但在移动过程中，日本舰队遭到弗莱彻指挥的美国航空母舰特遣部队的伏击，于是珊瑚海战役于5月6日至9日爆发。珊瑚海海战的结果，日军损失轻型航母“祥凤”号，大型航母“翔鹤”号遭到重创，不过美军也有1艘航母（“列克星敦”号）战沉、1艘航母（“约克城”号）受损。

就战争局势而言，日军并没有落于下风甚至有一点优势。然而，负责空中保护和支援的第五空军在这场战斗中损失惨重。因此，第四舰队司令员井上成美出于谨慎，下令召回登陆团，全面暂停MO作战。在“有利形势”下，突然奉命取消行动，令联合舰队司令山本五十六大发雷霆，并下令各部门继续追击歼灭美军航母舰队残骸。不过，在这个时候，当然已经来不及赶上了。军事行动失败了，莫尔兹比港（甚至整个澳大利亚）的转向标志着盟军自开战以来六个月来的第一次胜利，日本的进攻势头中断了。考虑到对方联合舰队已决定按计划于6月上旬展开攻击中途岛的军事行动，剩余的军事行动时间已经很短，投入力量也相对有限（除第五空军临时调遣支援外，第四舰队作为主着陆武力，只能用衣衫褴褛来形容）。此外，美军长期部署在南太平洋的母特遣部队正在安心等待工作。我们在战斗结束时没有达到目标是合理的。

事后看来，MO行动实际上是日军最接近莫尔兹比港的时间——珊瑚海战役后，美国航空母舰特遣部队实际上已经无法作战。弗莱彻被迫撤出战场，以保护受伤的约克城。事实上，莫尔兹比的国防力量只剩下了：由巡洋舰和驱逐舰组成的力量并不是特别强大的美澳大型水面舰队；在巴布亚部署的澳大利亚驻军和当地士兵数量有限；在巴布亚和澳大利亚北部，盟军岸基航空兵力量有限，组织不力。而此时的澳大利亚人，由于战争开始以来战败不断，士气低落，一旦形势不利，他们准备放弃巴布亚，撤退到澳大利亚。如果日军投入更多兵力奋战，莫尔兹比港可能无法得到保证。然而，历史没有如果。

第二次是1942年7月至1943年1月的巴布亚之战。此时，日军在中途岛惨败后，由于航母部队作为海上机动打击力量损失惨重，日军已无法发动全面进攻，但仍有一定的力量保持一定的进攻态势，因此日本海军再次调整了重点，以南太平洋。至于具体的行动，一是强化在南太平洋所罗门群岛的航空兵力（如在瓜达尔卡纳尔岛建设机场），二是重新考虑进攻莫尔兹比港和夺占巴布亚。由于海军新战败，摩兹比战略改为陆战。

于当年7月，日军派出1万余名南海精锐分遣队，穿越崎岖泥泞的科科达山路，在作为前进基地的巴布亚半岛北岸布纳和戈纳登陆，穿过欧文斯坦利山脉的茂密森林，延伸到半岛中部数公里，最后占领了位于半岛南部海岸的莫尔兹比港（听听计划），我认为这不可靠。此外，日军还派出1000多人的海军陆战队特种兵，通过海路袭击巴布亚半岛东端米尔内湾，试图占领该地区的盟军机场，并用岸基航空支援南海支队的摩兹比行动。但此时，麦克阿瑟已经在西南太平洋战区站稳了脚跟，彻底否决了澳大利亚军队此前坚持局部被动抵抗的计划，开始积极向巴布亚调兵遣将，为每一寸土地的战斗做好准备。从这个角度看，日军第二次莫尔兹比战役实际上从一开始就处于权力制衡的不利地位，成功的希望不大。

自1942年7月以来，南海支队沿着科科达小道向南行进。依靠轻步兵灵活奇特的战术和基层官兵异常的忍耐力，沿线澳大利亚军队被迫撤退。到9月，日军突破层层障碍，克服困难，一度挺进距莫尔兹比港仅60公里的阵地。然而，日军越南下，后勤补给线就越长，更不用说极难通过的科科达小道了。此外，麦克阿瑟还大力重组原本松懈的西南太平洋空军，不断加大对日军的空袭力度，日军的补给变得越来越困难。即使日军能忍饥吃苦，山林中无休止的连续战斗也只能越来越弱。

日军虽然离目标只有一步之遥，但原本凶猛的南海支队此时已成为一批奄奄一息的饥民，非战斗人员裁减也越来越严重。山脚下的莫尔兹比港是麦克阿瑟不断动员起来等待工作的生力军，所以这个“一步之遥”对日军来说实际上是不可逾越的。至于进攻米尔恩湾的一路日军，由于美军根据情报破译早已洞悉了日军计划，因此8月底日军登陆之后立即陷入了数倍优势的美澳军的围攻，最后不得不登船撤退，麦克阿瑟靠着情报优势打了一次漂亮的伏击战，米尔恩湾也就一直牢牢控制在盟军手中。

9月，在瓜达尔卡纳尔岛的另一个战场上，日军试图夺回瓜达尔卡纳尔机场的第二次总攻，但又失败了，只好将原计划增援南海支队扩大战果的第二师和其他预备役部队，改为瓜达尔卡纳尔战役。这样，日军虽然离莫尔兹比港只有几十公里，但由于缺乏支援，只好撤退。疲惫不堪的南海支队一撤退，麦克阿瑟的美国和澳大利亚军队就集结起来开始追击。当年10月，日军完全撤退到进攻起点布纳戈纳。科科达战役以盟军来之不易的胜利告终。

1942年11月至1943年1月，盟军经过几个月的艰苦战斗，终于歼灭了弹药和粮食耗尽、但仍以狂热的武士道精神作战的日军，占领了布纳戈纳萨南达的三个据点，结束了巴布亚的地狱之战。到目前为止，日军已在巴布亚岛和瓜岛两个战场上战败。在南太平洋热带丛林中，数万名精锐士兵战死。随着南海支队的垮台，日军夺取莫尔兹比港的最后希望已经破灭。